La Ruta Natural persigue tres objetivos principales

1. La educación ambiental, y en particular la promoción, el desarrollo, la investigación y la difusión de las ciencias medioambientales, tales como la biología, la ecología y la ingeniería ambiental, con el objeto de lograr una mayor formación y conciencia respecto de las referidas materias y favorecer además al desarrollo sustentable.

2. La preservación de áreas cuyos ecosistemas sean particularmente sensibles o bien que se encuentran sub representados en las áreas de conservación existentes, ya sea mediante adquisiciones territoriales o bien mediante manejo de predios de terceros.

3. La influencia en el diseño e implementación de políticas públicas medioambientales y la difusión y promoción de mejores prácticas en materia ambiental, así como de la propagación y aprovechamiento de la evidencia científica.